يتميز المركز بنظام حوكمة يعكس أفضل الممارسات الدولية في إدارة المنظمات العالمية الكبرى؛ بما يتيح الحيادية والمرونة والكفاءة والشفافية لتأدية مهام المركز وتحقيق أهدافه. يتولى إدارة المركز مجلس إدارة مكون من (١٢) عضوًا من ممثلي دول أو منظمات أو جهات ذات اهتمام بعمل المركز، يتشكل لمدة (خمس) سنوات لكل دورة، مراعى في عضويته نسب المساهمة في تمويل الميزانية السنوية للمركز، ويُناط به رسم السياسة العامة للمركز، ووضع خططه وبرامجه، واعتماد ميزانيته.